Los nombres comunes que se utilizan para referirse anafóricamente a entidades que se han citado con anterioridad no deben escribirse con inicial mayúscula, aunque coincidan con el sustantivo genérico incluido en la denominación completa: El programa fue diseñado por el Departamento de Lingüística Computacional. Este departamento se creó hace varios años con la intención de… El acompañamiento de demostrativos, posesivos o elementos anafóricos como dicho o citado obliga a interpretar esos nombres como meramente comunes en esos contextos y a escribirlos, por ello, con minúscula: nuestro departamento de personal, dicho ministerio, esta diputación provincial, la citada subdirección, etc.
No obstante, si el sustantivo genérico se emplea precedido simplemente de artículo determinado (el, la) puede escribirse con mayúscula inicial, asimilando esos casos a los de mención abreviada: El Departamento de Biología Molecular ha recibido una subvención para desarrollar una nueva técnica de detección de cáncer de mama. El Departamento estará obligado a presentar informes periódicos sobre el estado de las investigaciones.