Los sustantivos genéricos se escriben con minúscula: Llegaron al puerto de Atenas de madrugada; Aterrizamos en el aeropuerto de Barajas; Tu tren sale de la estación de Punta Chica. Solo está justificado el uso de la mayúscula en estos términos cuando la expresión completa no se refiere al espacio físico, sino a la entidad u organismo que gestiona su actividad: El Puerto de Bilbao tiene un acuerdo con los bomberos de la Diputación Foral.
Naturalmente, se escriben también con mayúscula si forman parte de un nombre propio o una expresión denominativa que así lo exige (nombres de países, de localidades, de organismos, etc.): Puerto Vallarta, Capitanía del Puerto de Acapulco, Departamento de Facturación del Aeropuerto de Barajas.